Nombres que ha tenido la Isla:
Noj Petén, Tayazal o Tayasal, Itzá, Itzaes, Itzaob, Itzaes, Yiza, Ahiza, Ahizaes, Ayazal, Ayajal, Yzues, Yguastal, Laguestal, Ytzalana, etc.
Nuestra Señora de los Remedios y San Pablo del Itzá, bautiza por Martín de Ursua el 13 de Marzo de 1697.
Isla de Presidio por el decreto legislativo No. 6 del 2 de Mayo de 1831, se le concede el titulo de Ciudad Flores, Petén, en memoria del vise-Jefe de donación Cirilo Flores.
La historia de los primeros habitantes de la Isla de Flores, cabecera del departamento de Petén, se remonta aproximadamente hacia 1000 años antes de Cristo, los vestigios arqueológicos se han fechado dentro del período Preclásico Medio (Richard Hansen, 1992)
Los Itzaes emigraron a Petén provenientes de Chichen Itza a inicios del siglo XV (1420), se establecieron en la isla mayor del lago Petén Itza o isla de Noj Petén como la llamaron, así como los alrededores del lago.
En el año de 1525 visito Hernán Cortes, estas tierras, convirtiéndose en el primer Europeo que visito la región petenera. La invasión a Noj Petén, capital de los Itzaes se llevo a cabo el 13 de Marzo de 1697. Ursua doblegó a los Itzaes y coloco el estandarte con la imagen de Jesús crucificado y de nuestra señora de los Remedios en el adoratorio más alto de la isla del lago Chaal Tun Ha (Petén Itzá).
