El constante ataque de los piratas en el Golfo de México y las incursiones a Guatemala por Río Dulce hizo necesaria la defensa del paso hacia el Lago de Izabal, donde se encontraban las bodegas de almacenamiento de mercancías que ingresaban y salían para España.
En 1955, Se le encomienda al arquitecto Francisco Ferrús Roig la reconstucción de la Fortaleza, quien investiga, entre otros, en el Archivo General de Indias, en España, localizando planos y documentos relacionados con el castillo. Excavaciones en el área descubren restos de distintas épocas sin perder la unidad del conjunto, aumentando el interés histórico, dando alas a la imaginación del visitante. Así se pudo conservar la primera fortificación (Torre de Bustamante) sobre la cual se erigió el Baluarte de San Felipe. Para 1651 se reconstruye totalmente la fortaleza llamándolo Castillo de San Felipe de Lara.
